Segundo viaje de Colón -la Isabela-
Tras el descubrimiento de las nuevas tierras, al otro lado del Atlántico, esperaban arduas y prometedoras tareas: socorrer a los españoles que quedaron en el fuerte de la Navidad; colonizar las islas encontradas en el primer viaje y continuar los descubrimientos, hasta alcanzar las tierras del Gran Khan.
La nueva flota se hizo a la mar el 25 de septiembre de 1493. Juan Rodriguez de Fonseca, consiguió reunir a casi mil quinientos hombres que fue preciso embarcar en 17 barcos; 12 carabelas y 5 naos. A bordo iban labradores de Granada, clérigos, marineros y soldados. En Canarias se proveyeron de productos agrícolas y cabezas de ganado.

Tras la escala en Canarias, y ya desde la isla del Hierro, Colón ordenó poner rumbo mucho más al sur que el primer viaje.
Un acierto con el que encontró la ruta más rápida y segura para llegar a América.
Sólo 21 días después de haber salido de Canarias, alcanzó las islas Deseada y Dominica.
Más tarde, se encontrarían Mari Galante, Guadalupe, en donde los españoles se encontraron las huellas de los caribes; siguiendo su navegación, se encontrarían con Monserrate, Santa María la Antigua, San Martín, Santa Cruz y finalmente las que bautizaron como Once Mil Vírgenes, por su número incalculable.
El 18 de noviembre desembarcaban en Boriquén, a la que llamaron San Juan Bautista, más tarde sería llamada Puerto Rico.
Por fin, El 27 de noviembre de 1493 llegaban al lugar donde había encallado la nao Santa María, en Haiti.
Allí, se encontraron con los restos de los cadáveres de los 39 hombres que había dejado en el fuerte de la Navidad. El cacique Guacanagarix, quien había recibido amigablemente a los descubridores y a cuyo
cargo quedaron los hombres que no pudieron embarcar por falta del necesario espacio, se explicó
diciendo que habían sido asesinados por un cacique enemigo llamado Caonabó; versión que Colón tuvo
que aceptar.
Primera población española
Ya como virrey gobernador de las nuevas tierras descubiertas, el Almirante se decidió entonces a fundar la que sería la primera población española en América llamada, La Isabela.
Resultó ser muy insalubre y Colón, después de dedicarse durante un corto tiempo a enviar expediciones al Cibao -región en el interior de La Española-, en busca de oro, ordenando allí la construcción de la fortaleza de Santo Tomás.
Y abandonó la Española, para emprender el descubrimiento de nuevas tierras.
Con una nao y dos carabelas zarpó el 24 de abril de 1494 rumbo a Cuba, que recorrió esta vez por su parte meridional.
Pasó luego a Jamaica, bautizada como Santiago, y retornó otra vez a Cuba, subiendo ahora por su costa occidental hasta lo que luego se llamó la bahía de Cortés.
Allí, desesperado, ordenó levantar un acta asegurando estar en Mango o el Mangi de Marco Polo, cosa que hizo jurar a los pilotos bajo la amenaza de cortarles la lengua.
Posteriormente volvió a Jamaica y la Española, regresando a la Isabela el 29 de septiembre.

A su vuelta del viaje de exploración, Colón tuvo que hacer frente a serios problemas en la convivencia y la administración del territorio del que ahora era el Virreinato de las Indias.
Preocupado por las noticias que, sin duda, habían de llegar a oídos de los reyes quienes, sin cesar, iban mandando abastecimientos y hombres de su confianza, viendo peligrar sus privilegios, dejó la gobernación en las manos de su hermano Bartolomé y el 10 de marzo de 1496 embarcó para España.
Una interesante tesis de doctorado sobre el segundo viaje de Colón -Universidad de Valladolid-
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